Até onde sei a versão oficial não permite fazer multiplas wallets, nem informar um outro arquivo na linha de comando.
Existe uma versão alternativa no git que faz isso, mas a quatro meses não havia previsão de entrar no core.
Realmente não sei como poderia ser feito.
O recurso "account" no RPC serve apenas para agrupar recebimentos, mas não serve para ver saldos.
Se usarmos o parâmetro -datadir podemos "emular" essa funcionalidade de usar vários wallets.dat, obviamente não é algo elegante a se fazer, mas funciona
O Curioso é que se você der um "getbalance" sem parâmetro algum ele retorna o seu saldo total direitinho, o problema é quando você dá um "getbalance" para cada conta que você tem cadastrada, neste caso ele retorna números que não fazem sentido algum.
O problema com o "account" é que quando vc envia BTC não consegue especificar um account, então ele tira saldo de qualquer um e de varios ao mesmo tempo, bagunçando o saldo.
A sua ideia de fazer varias pastas data vai criar um problema: copias do blockchain.
Com linux vc poderia fazer alguns links de uma pasta comum onde estaria o blockchain, mas vai ficando uma gambiarra difici de manter.
Talvez você queira experimentar com a versão alternativa do CodeShark comentada em
https://github.com/bitcoin/bitcoin/pull/2124Eu nunca usei então não sei avaliar a maturidade desse branch.