Tampoco es que esté del todo claro exactamente lo sucedido al detalle, pero además de la API, unos días más tarde se vio que personal de Shopify estaba aparentemente robando los mismos datos con un agregado adicional de varias decenas de miles más (y además sobre múltiples clientes distintos de Ledger).
Estuve mirando la documentación de la API de Shopify por encima, y si vi comandos para obtener todos los clientes de un negocio, pero también límites al número que se podía bajar por query. Como digo, lo miré por encima, pero allí Shopify debería monitorizar con alertas el uso que se hace de la API. Quizás se habría así detectado antes la anomalía.
En todo caso, entiendo que la API está precisamente para permitirle a Ledger descargarse todos los datos relativos a clientes y compras, y allí no se ha explicado cómo se hicieron con las claves (que supongo parte de filtración interna). Visto con perspectiva, y a posteriori que es más fácil, Ledger debería quizás haber buscado una solución de e-commerce que diese garantías lo más parecido a absolutas sobre los datos custodiados. Si el Ledger es un elemento de seguridad, se debería tener especial cuidado con los datos de localización de sus poseedores. Yo diría que se podría haber contado con un sistema 2FA para poder usar la API, y así mitigar las opciones de uso por parte de terceros (aunque fuesen in-house).