Que tiene que ver la criptografia?
Solo en un mundo ideal toda la gente usa Linux, puede entender los codigos fuentes y sabe hacer un "configure make make install" que no termine en error o en un problema de dependencias. Repito, esa no es una solucion, la usabilidad te la estas pasando por el orto. Si Bitcoin se llega a masificar algun dia tiene que ser a prueba de abuelitas.
Estoy asumiendo que el intruso tambien logra publicar sus checksums asi que cualquier comprabacion pasaria con exito.
Lo que se me ocurre es que el sitio oficial de descarga antes de liberar cualquier version (esto no solo aplica para Bitcoin, sino que para cualquier software) debe mantener en un lugar 100% seguro (tal vez en forma encriptada) el checksum verdadero y con un cron comprobar periodicamente que la version no ha sido alterada.
o incluir el hash del ejecutable en el blockchain...