En la última versión de Bitcoin-Qt se ha aumentado la comisión mínima. Como la comisión a enviar se calcula a partir de un algoritmo que prioriza los envíos de cantidades mayores y de outputs más antiguos, te recomiendo que esperes un día para ver si al cabo de ese tiempo, el cliente no te recomienda una comisión tan alta. En cualquier caso, el protocolo Bitcoin no exige una comisión concreta, por lo que podrías ignorarlo, aunque no es recomendable que lo hagas porque en ese caso, la transacción podría tardar días en confirmarse o no hacerlo nunca.
He observado que muchos sitios realizan transacciones en donde pagan muchoooo menos comision (entre ellos mtgox, vircurex, etc)
Quizás sea porque envían una cantidad mayor de bitcoins por transacción o porque sus outputs son más antiguos. También, Mtgox utiliza a menudo off-chain transactions entre sus direcciones, que al no tocar la cadena de bloques, no requieren de comisión.
Ahora bien... es posible hacer transacciones multipleas y pagar solo una vez la comision?
Sí, agrupando envíos a diferentes direcciones en una única transacción, puedes ahorrar en comisiones.
Hay algun manual o guia para manejar el cliente bitcoind (NO el bitcoinqt)?
El control sobre bitcoind, se puede clasificar en dos partes.
1) Línea de comandos para bitcoind:
https://en.bitcoin.it/wiki/Running_Bitcoin#Command-line_arguments2) Comandos JSON/RPC remotos para bitcoind:
https://en.bitcoin.it/wiki/Original_Bitcoin_client/API_calls_list