Ten en cuenta que no existe el concepto de "cada bitcoin individual". El protocolo no conoce unidades individualizadas, sino simplemente transacciones que mueven valores numéricos de las entradas a las salidas. En el artículo original de Satoshi Nakamoto, se define "coin" como una de estas transferencias de valor de un punto a otro, pero la cantidad transferida puede ser cualquier valor. Este es el significado que se da habitualmente a la expresión "one coin" en las discusiones más técnicas, como las del subforo Development and Technical Discussion. En este sentido, una "coin" de 1 BTC es equivalente a una "coin" de 0,12345678 BTC, excepto por nuestra percepción humana de que la primera es una cantidad redonda.
Sí es posible rastrear los bitcoins robados desde la transacción que identificamos como robo, pero solo hasta que esa cantidad se empieza a mezclar con otras. Supongamos que hemos identificado un robo de, pongamos, 2,5 BTC. Hemos encontrado la transacción en blockchain.info y sabemos qué dirección Bitcoin ha recibido esa cantidad. A continuación, vemos que el ladrón ha hecho diez pagos de 0,25 BTC a diez direcciones nuevas. En ese momento, podemos decir que esas transacciones están manchadas o marcadas ("tainted") en un 100% (desde nuestra perspectiva humana en que asociamos las transacciones a un acto inmoral, claro; el algoritmo no sabe de buenos ni malos). En ese momento, conocemos las diez direcciones en que está repartido el botín del robo. El problema aparece cuando las cantidades manchadas se mezclan con otras limpias. Una de esas cantidades de 0,25 podría hacer de entrada de una transacción posterior por valor de 1 BTC en que se mezcla con otra entrada de 0,75 BTC limpios, que no proceden del botín. Esa transacción estará manchada solamente en un 25%. Este proceso de mezcla a través de los inputs es lo que va diluyendo la rastreabilidad del robo.
Los intentos de marcar estas monedas robadas chocan con varios inconvenientes. Por un lado, hay un componente arbitrario en la decisión de marcar ciertas transferencias Bitcoin como inmorales. Los robos de bitcoins por parte de hackers parecen un caso claro para la mayoría, pero también habrá quienes no quieran aceptar bitcoins procedentes del FBI o de otros individuos u organizaciones; ahí entramos en terreno muy resbaladizo. Además, este tipo de rechazo selectivo afectaría a la fungibilidad de los bitcoins; si se generaliza la idea de rechazar bitcoins con un cierto porcentaje de "taint", habría diferencias entre saldos limpios y saldos más o menos sucios, lo cual podría poner en peligro el prestigio de Bitcoin como moneda.
Gracias por la respuesta, ya imaginaba que no se podría, sino ya lo habrían hecho, pero con tu respuesta ya tengo la confirmación. Cierro el post y gracias por la respuesta de nuevo.