Es cierto que Yubikey tiene la ventaja de que sólo te permite loguinearte contra la url donde te das de alta, por lo que minimizas las posibilidades de caer en un acto de phising en webs con 2FA activado. Como las Yubikeys no son clonables, lo recomendable es tener dos, y autorizar las dos llaves para el acceso 2FA (no sé si todos los sites permiten dar de alta dos elementos de acceso 2FA).
Ahora bien, tampoco esperaría que la práctica se extendiese en masa para mucha gente, dado que el producto es caro, y requiere algo más de conocimiento que simplemente generar un login/password. Supongo que la gente con más elementos a proteger es más propensa a usarlo (claves de Exchanges, bancos, etc.).
Estoy consciente de que la recuparación en caso de perdida de Yubikeys puede ser una molestia y por eso se recomienda lo que dices (hacer el setup de almenos dos). Debido a esto me ha dado la curiosidad de buscar (de forma infructuosa) que sucede si se una wallet fisica como llave de autentificación, se hace un reinicio y recuperación con la seed y se vuelve a usar. Me gustaría saber como afecta el contador.
Ahora bien, el precio de llaves como estas está justificado en especial si se trata de cuentas bancarias, exchanges o cuentas de redes sociales que literalmente te dan de comer. Pero mi forma de pensar es: si me compre una llave fisica para mi cuenta de banco ¿por que no usarla en todo lo que tenga?. Claro, eso puede hacer que la recuperación sea un dolor de cabeza, pero en mi caso, considero que es más facil cuidar de un objeto físico que las credenciales de una docena de sitios, solo cosas mias.
Quizá, 40$ por una llave de seguridad básica si sea algo caro para algunos (creo que antes podían conseguirse a 20$, muestra de su posible gran demanda), pero tengo la confianza que dentro de unos años esta clase de autentificación asimétrica se volverá un estandar, porque tiene el potencial sacar de dudas sobre la identidad digital de los internautas y cada vez es más intuitivo, imo.