El tema es que Electrum (antes de versión 3.3.3) tenía este sistema de "alertas", que daba a los servidores la oportunidad de enviar mensajes a las carteras conectadas. Esto, a mi entender, era un canal de comunicación fuera de la comunicación normal entre un "nodo completo" y un "nodo SPV" y por lo tanto una función especial de electrum-server. Entiendo que en cambio en el caso de Nakamoto este canal "especial" de electrum-server no existe, y por lo tanto este tipo de phishing no es posible.
Para citar a los desarrolladores (fuente):
En lo que si tenés razón es que no se puede culpar directamente al "modelo cliente-servidor", pero este tipo de problemas aparecen cuando uno quiere meterle funciones especiales como este canal de comunicación, y lo hace vulnerable. En el caso de Nakamoto es imposible añadir un canal de comunicación de este tipo, al menos que alguien programe una versión especial de Bitcoin Core (u otro cliente "completo") diseñado para comunicarse con Nakamoto, pero según entiendo al desarrollador esto justo no es la intención sino la capacidad de usar nodos estándar.
Ahora está corregido el problema de Electrum y el peligro ya no existe.
(Yo también soy usuario de Electrum y estoy (casi) totalmente conforme, mis críticas estarían más que nada relacionadas con la amigabilidad de algunas funciones para el usuario.)