1. Criar 3.000 endereços por mes é viável? Existe um limite pra derivação de chaves publicas associadas a uma unica seed?
Exchanges já fazem isso com suas centenas de milhares (ou milhões) de clientes. Não tem problema algum.
2. Via explorers, é fácil/possível associar um endereço a uma carteira ? (caso o padeiro use um endereço de recebimento por transação).
Depende do que se faz depois disso. Vai enviar tudo para um endereço central?
Por exemplo, hoje em dia você cria uma conta na Binance e envia 1 ETH para o endereço único que eles geraram para você. Inicialmente ninguém vai saber que esse endereço é da Binance, mas logo depois eles vão enviar esse 1 ETH para uma hot wallet da exchange, e vai dar para ver na blockchain.
0x1234 (eu) -> 0x85455
0x85455 -> 0x4444 (Binance hot wallet 3)
3. Quão escalável é fazer milhares de transações diárias no sentido de não exibir tudo que tem na carteira?
Sei que o custo de infra é maior, pois adiciona pelo menos 1 transação a mais.
Se o motivo for fugir dos olhos públicos de fora (eu e você), provavelmente seria melhor usar um custodiante que trabalha com PoS (Point of Sale) e que vai gerar e cuidar dos pagamentos... depois é só sacar do sistema deles, de uma carteira que não vai ter ligação direta com os pagamentos do dia a dia.