Anche se non hai specificato il sistema (presumo che sei su Windows), hai provato a far girare qualche benchmark intensivo per le schede, tipo il 3dMark?
Se hai problemi hardware dovresti essere nella stessa situazione (blocchi, instabilità, sfarfallamenti ecc).
Non ti far fregare da quello che leggi a schermo e "misura la febbre" alle schede: fai girare il bench una mezz'oretta e controlla che tutte e due le schede siano alla giusta temperatura (almeno 80-85 gradi). Se qualcuno dei core "è spento" (quindi temperature sui 60) significa che non stai sfruttando al 100% le schede e la prova non è valida
Se tutto gira bene prova a cambiare software o a lavorare da riga di comando (CgMiner e file .bat se su Windows), oppure prova a "rallentare" Guiminer (abbassa frequenza di core e ram) e controlla sempre le temperature, potrebbe darsi che sui calcoli integer il dissipatore originale non ce la fa a sostenere entrambi i core (le 6990 hanno un TDP pazzesco) e ti vanno in protezione termica (che scatta però oltre i 100 gradi :O ).
Sempre parlando di hardware controlla che i cavi di alimentazione che vanno alle schede siano su "rail" differenti (devi cercare sul manuale o sull'etichetta dell'ali) facendo in modo che ogni scheda abbia i suoi 40A senza altre periferiche collegate (niente dischi fissi, ventole, rheobus, neon, ecc).
A mio parere la ram la lascerei dov'è, un alimentatore da 1200 watt dovrebbe farcela a spingere un sistema simile!