con veracrypt ho crittatto il computer, tutto bene a parte che rallenta un pò il pc in fase di avvio
non penso abbia molto senso crittare anche cartella e le relative sottocartelle C:\Windows\*.*
al massimo puoi criptare Windows32 e il terminale, ma tutte le dll e file di impostazioni crittati sono solo perdita di tempo.
Per chi utilizza sistemi unix consiglio vivamente ZuluCrypt. L'ultima volta che l'ho utilizzato mi sembra non aveva la possibilità di crittare cartelle, quindi dovreste includere i file in un archivio compresso e successivamente crittare l'archivio. Naturalmente è disponibile l'opzione per hard-drive. Per chi avesse il pallino della sicurezza/privacy informatica e conosce abbastanza bene la shell linux mi scriva
Posso consigliarvi un sacco di programmi 
