При этом, все транзакции из отвергнутой ветки попадают назад в мемпул и будут включены в ближайшие блоки актуальной цепочки блоков. За исключением тех транзакций, входы которых уже потрачены.
Да, но это ни в коем случае не является гарантией сделки. Особенно в случае RBF транзакции. Получается, что любая замена комиссии (RBF) - это двойная трата? Или любая замененная транзакция до подтверждения двойной тратой не является?
С точки зрения таких эксплореров - да, если тратится вход другой транзакции, то двойная трата. И им неважно, RBF или нет. Видимо, для перестраховки.Регулярно - это раз два месяца, вероятность порядка 0.1%. Интересно, известны случаи, когда кто-то потерял деньги, засчитав платеж с одним подтверждением?
Вероятность этого мала и может считаться ничтожной для обычных людей. Но если кто-то проводит транзакции постоянно, по несколько сотен в день, то рано или поздно потеряет. Закон больших чисел никто не отменял. 
Актуально для магазинов, бирж, казино и прочих.
Ну а по закону подлости, именно у такой сделки будет большая сумма, и клиент с RBF транзакцией наготове.
